최근 대학가에서 최대 이슈는 대학구조개혁이라고 볼 수 있다. 학령인구가 감소함에 따라 교육부는 대학구조개혁으로 2022년까지 16만 명의 대입 정원을 감축할 계획을 밝혔다. 물론 대학정원 충원부족문제를 해결하고 대학의 국내외적 경쟁력을 높이기 위해 대학구조개혁이 필요하다는 것은 누구나 동의를 할 것이다. 하지만 현재 교육부가 제시한 대학구조개혁안은 단순히 현 시대의 요구를 충족하기에는 가지고 있는 문제가 많다.
먼저 수도권 대학과 지방 대학사이의 불평등이 심화될 수 있다. 현 구조개혁안은 대학평가에 따라 5단계로 나뉜 구조개혁을 실시하고 있는데 이에 대학평가에서 상대적으로 좋은 평가를 받을 가능성이 낮은 지방대학들은 정원감축이 심화되는 반면 좋은 평가를 받을 가능성이 높은 수도권대학의 경우 정원감축의 피해가 상대적으로 적을 것이다.
다음으로 대학평가 방식에 있어서 평가요소가 구체적으로 정해지지 않았다. 대학구조개혁에 따라 지방대학이 수도권대학에 비해 불리하지 않게 평가받기 위해 정성지표를 추가로 도입할 계획이지만 정성지표자체가 정량지표에 비해 주관적이며 아직 평가요소가 구체적으로 정해지지 않아 지방대학의 반발을 낳고 있다.
마지막으로 평가에 따른 경쟁논리 때문에 구성원의 건전한 비판이나 논쟁이 이뤄지지 않게 될 수 있다는 우려가 제기된다.
이와 같은 문제를 해결하기 위해 우선적으로 엄격한 대학 평가 체제를 갖춰야 한다. 단순히 우수한 대학을 선정하기 위한 평가를 하기보다는 비리를 저지르는 대학이나 방만한 운영을 하고 있는 대학들을 냉정한 잣대로 잡아내고 대학교육이 올바를 방향으로 나아갈 수 있도록 체질 개선을 해야 한다.
다음으로 실질적으로 우수한 인재를 양성할 수 있도록 대학 자체적으로 특성화사업을 진행시켜 현재 대학 곳곳에서 정원감축을 위한 특성화 사업이 이뤄지지 않아야 한다.

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